Plegamiento de Proteínas

Preguntas de Verdadero/Falso

52. La cavitación es una contribución favorable a la solvatación que se produce cuando el soluto que se introduce en la disolución es polar. (F)

53. La urea desnaturaliza las proteínas al romper interacciones no enlazantes. (V)

54. Las rotamasas son enzimas que cambian la preferencia conformacional (cis vs trans) de las prolinas. (F)

55. El efecto hidrofóbico es clave para entender porque las proteínas pueden mantener su estructura cuando se vaporizan (se transfiere a fase gas). (F)

56. Hay 3 estados para una molécula. Si los 3 tienen la misma energía la molécula será entrópicamente más estable que si hay uno energéticamente mucho más estable que los otros dos. (V)

57. ¿Tendría sentido el experimento de Anfinsen (añadiendo B-mercaptoetanol y urea y eliminándolas después secuencialmente) en una proteína sin cisteínas? (NO)

58. En la teoría entropy funnel se asume que según el plegamiento de una cadena polipeptídica avanza, cada vez tiene menos conformaciones accesibles y la energía es cada vez más estable. (V)

59. El motlen globule es una estructura compacta de una proteína, que recuerda a la forma nativa, pero que no ha establecido todavía los contactos nativos. (V)

60. Un investigador tiene una teoría sobre la renaturalización de una proteína al bajar la temperatura como el que se muestra en la figura 1 (A) y hace un experimento de melting como el de la figura 1 (B). Los resultados soportan su hipótesis. (F)

61. La figura 2 está extraída de un trabajo sobre la desnaturalización térmica RNase A, seguida por diversos métodos (esto es cierto). La gráfica que se obtiene coincide con la esperada por un modelo de plegamiento de dos estados. (V)

62. Para facilitarte la pregunta en la figura, he incluido un detalle de los puentes disulfuro que se forman fisiológicamente durante el plegamiento de la forma activa de la RNase A. En un medio fisiológico, la cinética de plegamiento será independiente de la presencia de protein disulfide isomerases. (F)

63. De acuerdo con el modelo de plegamiento del framework o armazón, la formación de la estructura secundaria es el fenómeno inicial de plegamiento de una proteína. (V)

64. En el modelo del entropy funnel no permite incluir efectos complejos como el que ejercen las chaperonas en el plegamiento de las proteínas. (F)

65. El trabajo reversible que implica romper la estructura del agua para acomodar el soluto apolar se denomina energía libre de cavitación. (V)

66. Las proteínas con un mecanismo de plegamiento downhill no se ajustan al modelo de dos estados, son en general pequeñas y ricas en hélice alfa. (V)

67. Al plegarse una proteína encontramos un aumento en el número de puentes de hidrógeno intracatenarios. (V)

68. En el proceso de plegamiento de una proteína se produce una ganancia de orden global en las moléculas de agua que rodean a la proteína, lo que favorece globalmente el plegamiento de la misma. (F)

69. Una proteína que para plegarse tenga que formar y romper puentes disulfuro tendrá normalmente escalas de tiempo de plegamiento entre el micro y el milisegundo. (F)

70. Uno de los efectos de las chaperonas es evitar que péptidos no plegados o plegados incorrectamente estén libres en el citoplasma, evitando así que se agreguen. (V)

71. Las MGP (Molten Globule Proteins) son proteínas con elementos de estructura secundaria bien definidos, pero que se organizan de manera diferente en función de factores externos a la proteína. (V)

72. Las proteínas que se pliegan siguiendo el modelo downhill folding suelen ser pequeñas, ricas en hélice alfa y se pliegan muy rápido. (V)

73. El efecto hidrofóbico que juega un papel clave en el plegamiento de proteínas tiene un fuerte componente entrópico. (V)

74. La figura 3 se corresponde a una curva de melting de la ribonucleasa. El gráfico se corresponde a un modelo de plegamiento de dos estados. (V)

75. El puente de hidrógeno es una interacción fundamentalmente electrostática. (V)

Estructura del ADN

Preguntas de Verdadero/Falso

76. Si desaminas una citosina obtendrás una timina. (F)

77. Si colocas un grupo voluminoso en la posición 2 de una adenosina te esperarías que aumentara la estabilidad de la conformación syn. (F)

78. En el ciclo pseudorotacional la conformación C3’ endo está más cercana a la C2’ exo que la C4’ exo. (F)

79. Un ángulo de fase de aproximadamente 160 grados caracterizará a un puckering tipo C2’ exo. (F)

80. El missmatching G-C → G-T es un ejemplo de transversión (F).

81. Para la guanosina en conformación syn se pueden encontrar puentes de hidrógeno que involucren O5’ y N7. (F)

82. Si miras a lo largo del enlace C1’ → N9 y ves que el azúcar eclipsa el anillo de purina estás en conformación syn. (V)

83. El metilo de la timina está unido al C4. (F)

84. Un célebre personaje del mundo del espectáculo afirmó que una ribosa aparecía en la conformación 2 4T. Esto es posible. (F)

85. El ángulo de fase clásico de una 2’-desoxyribosa en conformación C3’ endo es de unos 160 grados. (F)

86. El conformómero O4’ endo es uno de los que típicamente se encuentran en la región este del puckering de furanosas. (V)

87. La figura 4 corresponde al procesado de un cálculo de dinámica molecular en el que se sigue el puckering de una ribosa (ángulo de fase en grados en el eje y) a lo largo del tiempo (en ps, eje X). (NOTA: hasta aquí es cierto). Lo que los autores encontraron en su sistema es una transición de puckering de región norte a sur. (V)

88. La figura 5 representa esquemáticamente el tipo de conformación respecto el enlace exocíclico C4’-C5’ más abundante en el DNA. (F)

89. La figura 6 representa esquemáticamente una adenina en su forma tautomérica más común. (F)

90. La 8-Br guanosina tendrá más tendencia a estar en conformación syn que la guanosina. (V)

91. En una forma tautomérica imino de la citosina encuentras aceptores de puente de hidrógeno en N4. (V) 

Interacciones Moleculares y Bioinformática

Preguntas de Verdadero/Falso

1. BLAST es un programa que permite alinear proteínas en función de su similitud de secuencia. (V)

2. El movimiento atómico más rápido de una proteína son las vibraciones de enlaces químicos. (V)

3. La rotación respecto a un enlace amida C-N ocurre en la escala del femto al picosegundo. (F)

4. Es mucho más fácil encontrar Arg en una hélice alfa que en una hoja beta. (F)

5. Mediante perfiles PROSITE es posible asignar función a una proteína aun en casos cuando la proteína problema tiene poca similitud global con otras proteínas de función conocida. (V)

6. Es típico encontrar Pro en medio de hélices alfa. (F)

7. Para predecir el perfil de antigenicidad de una proteína es necesario conocer la estructura tridimensional de la proteína. (F)

8. PROSA es un ejemplo de programa que permite evaluar la bondad de un modelo de estructura de proteína empleando para ello potenciales estadísticos. (V)

9. La ecuación, adecuadamente parametrizada, serviría para representar la rotación respecto al enlace C-C del eteno donde φ (Fi/phi) es el ángulo de torsión y β (beta) está definido en unidades de energía. (V) (F)

10. Para átomos que soportan carga neta, el término Coulombico decae más rápidamente que el de van der Waals a distancias cortas. (V)

11. La ecuación que se muestra más abajo representaría bien la interacción Coulombica entre dos partículas (i,j) con carga neta Qi y Qj sustituidos en el vacío a una distancia rij. NOTA: ε0 es la constante dieléctrica absoluta del vacío en unidades apropiadas (la NOTA es una afirmación, no forma parte de la pregunta) (F)

12. Las trayectorias obtenidas por dinámica molecular dependerán de la temperatura a la que se esté simulando la proteína. (V)

13. Si dos proteínas se parecen mucho en secuencia es muy probable que se parezcan también en su estructura. (V)

14. Para simular 1 nanosegundo de dinámica molecular de una proteína debemos integrar las ecuaciones de movimiento de Newton unas 10.000 veces (F)

15. PFAM es una base de datos de alineamientos de proteínas que nos ayuda a anotar nuevas secuencias dentro de una familia conocida (V)

16. Expasy es un servidor del Instituto Suizo de Bioinformática que contienen una amplia serie de utilidades para el estudio estructural i funcional de proteínas. (V)

17. La Gly tiene una propensión mucho más grande a estar en giro beta que en hoja beta. (V)

18. CATH y SCOP son bases de datos que intentan clasificar en distintos niveles (o jerarquías) las proteínas por su estructura tridimensional (V)

19. Los métodos de predicción de estructura secundaria son más eficientes para reconocer hélices alfa que hojas beta. (V)

20. La zona de penumbra (twilight zone) para modelado por homología se considera cuando la identidad de secuencia entre la secuencia problema y la diana está entre el 40% y el 60%. (F)

21. PFAM es un servidor del Swiss Institute of Bioinformatics que permite obtener modelos estructurales a partir de técnicas de modelado por homología. (F)

22. Sea un enlace A-B que se detecta experimentalmente con una longitud de equilibrio de 1 Angstrom. Al alargar el enlace a 2 Angstrom la energía del sistema aumenta hasta las 20 kcal/mol. Asumiendo comportamiento armónico en la distorsión podemos concluir que la constante de stretching es de 5 Kcal/mol · A^2 (F)

23. La integración correcta de las ecuaciones de Newton en una dinámica molecular se realiza cada 10^(-12)s (F)

24. En un cálculo de mecánica molecular se va modificando la geometría de un sistema para ir encontrando conformaciones de energía cada vez más baja hasta llegar a un mínimo. No obstante, no hay garantías de que el mínimo encontrado sea absoluto. (V)

25. Para calcular la fuerza en un cálculo de dinámica molecular precisas calcular la derivada de la energía potencial en función de los desplazamientos atómicos.(V)

26. Al ir reduciendo la distancia entre dos atomos con carga de distinto signo, el término Coulombico converge a + ∞ (F)

27. La ecuación más abajo representa bien la parte repulsiva de una intracción de Lennard-Jones entre dos partículas A y B separadas por una distancia RAB (εAB es la dureza de la interacción R*A y R*B denotan el radio de van der Waals de cada partícula. (F)

28. La ecuación más abajo representa bien la parte repulsiva de una intracción de Lennard-Jones entre dos partículas A y B separadas por una distancia RAB (εAB es la dureza de la interacción R*A y R*B denotan el radio de van der Waals de cada partícula. (V)

29. Si realizamos un muestreo de dinámica molecular (tiempos muy largos de simulción) de un sistema que se encuentra en equilibrio entre diversos estados, el tiempo relativo que la dinámica esté en cada uno de ellos indicará su estabilidad relativa. (V)

30. PsiBLAST es una variante de BLAST que esta especialmente preparada para proteínas de membrana. (F)

31. PFAM es una base de datos de alineamientos múltiples a nivel de dominio generada a partir de la inspección de perfiles PROSITE comunes en proteínas (F)

32. La secuencia peptídica -MetGluAlaGluAlaMet- formará probablemente (de acuerdo con Chou-Fasman) una hélice alfa. (V)

33. La ecuación de más abajo nos dará la fuerza asociada a la perturbación de stretching de un enlace de un cálculo de dinámica molecular. (Nota: suponer por simplicidad que ya nos va bien realizar el cálculo de dinámica molecular trabajar con coordenadas internas, no cartesianas). (F) Donde KAB es la constante de stretching, IAB es la distancia entre Ay B y IºAB es la distancia entre A-B de equilibrio.

34. En un campo de fuerzas atómico (donde cada átomo está representado por una partícula; es decir lo que he explicado en clase), que queremos emplear para representar la metilamina a pH 7 representaremos el término de periodicidad 3 de la torsión C-N mediante un total de 6 diedros. (V)

35. Las proteínas intrínsecamente desordenadas son raras en humanos , pero comunes en lavaduras.(F)

36. En la actualidad el tiempo típico de integración de las ecuaciones de Newton en un cálculo de dinámica molecular está en la escala del femtosegundo. (V) 

37. La ecuación de más abajo muestra la energía de interacción entre dos partículas de acuerdo con un Elastic Network Model, donde K es una constante de fuerza genérica para todas las interacciones del sistema, IºAB es la distancia de equilibrio A-B (es decir, aquella que existe en la estructural experimental), IAB es la distancia real entre las partículas A-B y δAB (gamma) es un parámetro que toma valores igual a 1 o 0 dependiendo de si las dos partículas están cerca (no te pido que sepas aquí que es lo que se considera cerca) o no. (V)

38. La constante de fuerza de un enlace triple C-N es más grande que la de un enlace simple C-N, por lo que el primer enlace ( a la misma temperatura ) vibrará con una frecuencia mucho más alta que el segundo. (V)

39. Dentro de un proceso de parametrización del amoniaco realizas unas simulaciones a partir de un primer conjunto de parámetros prueba. Al analizar la trayectoria obtenida a T y P ambiente ves que la densidad que predice la simulación para el amoniaco es de 1.1 g/ml, mientras que la densidad experimental del amoniaco a esa temperatura y presión es de 0,73 g/ml. Una aproximación razonable para mejorar los parámetros sería aumentar la carga y la dureza del término de van der Waals del nitrógeno. (F)

40. Entre dos moléculas de metano situadas a 5 nm (50 A) de distancia, las interacciones de van der Waals seran débiles, pero atractivas.(V)

41. TrEMBL es una base de datos de secuencias de proteínas anotada por medios automáticos. (V)

42. Los perfiles PROSITE nos dan información sobre potenciales funcionalidades de las proteínas. (V) 

43. La tabla que se muestra más abajo corresponde a propensiones a formar estructura secundaría según Chou-Fasman (considera que esto es cierto). El fragmento FCEHEF tendrá una estructura secundaria del tipo hélice alfa. (V)

44. Las proteínas intrínsecamente desordenadas son características de bacterias, aunque de manera residual (10%) pueden encontrarse en mamíferos desarrollados como nosotros. (F)

45. CATH es una base de datos donde las proteínas se organizan de forma jerárquica mediante métodos de anotación automática. (V)

46. Tenemos dos enlaces químicos X-H y X-Y, donde X e Y son heteroátomos diferentes y H es un átomo de hidrógeno. Suponiendo que las constantes de stretching de x-H y de X-Y son iguales tambien lo será la frecuencia de vibración de los enlaces. (F)

47. Estoy ajustando los parámetros del forcefield del agua y al realizar un cálculo veo que debo hacer la simulación a 500 K para conseguir que se produzca la evaporación. Lo más razonable sería aumentar la separación de cargas O y H para disminuir el dipolo. (F)

48. En dos átomos de Neón que interaccionen a una distancia de 2o A la ordenación de energías de interacción (en valor absoluto) es Eele

Estructura del ADN (Continuación)

Preguntas de Verdadero/Falso

92. La figura 7 se extrae de un trabajo donde estudiaron el efecto del mutágeno (la 8-oxoguanosina; la base que veis en primer plano a la izquierda), al incorporarse por DNA polimerasa en frente de un templante (HASTA AQUÍ es información correcta, fijaos también que no se dibujan específicamente los hidrógenos en la figura). Está claro que la 8-oxoguanosina adopta una conformación syn respecto al enlace glicosídico. (V)

93. La conformación ºE de la 2’ desoxyribosa es la misma que la o4’exo. (F)

94. La conformación de una ribosa C4’exo-C2’endo no existe de acuerdo con la teoría pseudorotacional. (V)

95. La figura 8 representa de manera esquemática una citosina en su forma tautomérica imino. Este tautómero podría reconocer una adenina con 2 puentes de hidrógeno. (V)

96. Según la teoría pseudorotacional de anillos furanósicos los cambios de conformación en el anillo se realizan manteniendo constante la amplitud de puckering en valores entre -5 i +5 grados. (F)

97. La guanina tiene un carbonilo en la posición C2 y un amino en la posición N6. (F)

98. El ángulo de fase de una 2’desoxyribosa en conformación O4’endo es de unos 270 grados. (F)

99. El perfil de energía de rotación de la figura 9 está bajado de internet en una página web de química orgánica ( que sí, que no te quiero liar). El perfil de energía tiene sentido con los dibujos de las proyecciones de Newman, pero los valores de la variable de rotación no se corresponden con ningún ángulo diedro informativo sobre la rotación. (V)

100. La figura se corresponde a una citosina en una forma tautomérica enol. (F)

Estructura del ADN y ARN

Preguntas de Verdadero/Falso

101. La nutritiva hélice de la figura 11 es dextrógira (V)

102. El código de lectura por puentes de hidrógeno en el sucro ancho de un RNA y de un DNA es el mismo (V)

103. La estructura de la figura 12 se corresponde a un Z-DNA. (F) (és dextrogira)

104. El “burkle” es un movimiento de rotación global del par de bases respecto al eje Y (F)

105. El apareamiento no canónico de a figura 13 se ha detectado en algunos ácidos nucleicos. Estructuralmente en una hélice se comportará más parecido a un apareamiento reverse Hoogsteen A·T que a uno Hoogsteen G· C (V)

106. El agua interfiere mucho más en la formación de puentes de hisrògeno entre las bases que el stacking. (V)

107. La distancia óptima de stacking de dos nucleobases es de 5 A en el DNA y de 4,5 A en un RNA de doble cadena (F)

108. Las interacciones de stacking son menos direccionales que las de puente de hidrógeno. (V)

109. El puente de hidrógeno G·C Watson-Crick es la interacción de puente de hidrógeno más fuerte posible entre las 4 nucleobases codificantes neutras. (V)

110. El esquema de la izquierda en la figura 14 se corresponde a un movimiento de roll.(V)

111. El esquema de la izquierda en la figura 14 se corresponde a un movimiento de tilt.(F)

112. Según el criterio de nomenclatura helicoidal del DNA se determina que el sentido positiva del eje X es aquel del vector que va del surco estrecho al sucro ancho. (V)

113. Ya sé que la figura 15 es una escalera, pero sé creativo e imagínate que es una hélice de ácido nucleico y que cada escalón es equivalente a un par de bases. El tilt de cada par de bases sería prácticamente cero. (V)

114. En la figura 15 de nuevo, vuelve a imaginarte que cada escalón es equivalente a un par de bases. El twist que tendrías sería de unos 60 grados. (F).

115. La figura 16 corresponde a unos estuches para guardar CD, inspirados en el DNA. Los autores diseñaron, por desgracia, una hélice levógira. (V)

116. El N3 de una citosina actúa en un dúplex como aceptor de puente de hidrógeno. (V)

117. La figura 17 muestra un modelo simplificado de un ácido nucleico doble cadena con una conformación de A. (V)

118. El N4 de una citosina actúa como dador de puente de hidrógeno en un dímero tipo Hoogsteen entre G y C (V)

119. Para curvar un DNA dúplex y conseguir un DNA circular precisamos variar el roll y/o el tilt. (V)

120. En la figura 18, el esquema de la izquierda muestra un movimiento de roll. (V)

121. En el esquema de la derecha de la figura 18 se corresponde a la definición de un movimiento de slide. (F)

122. En un par A-T en el vacío, el apareamiento reverse Watson-Crick es mucho menos estable que el apareamiento canónico Watson-Crick. (F)

123. El buckle es un movimiento de translación de una base respecto a su complementaria. (F)

124. Al deshidratar un DNA se favorece el paso de la forma B a la forma A. (F)

125. Al formarse los puentes de hidrógeno de tipo Watson-Crick quedan aceptores y dadores libres en las bases capaces de interaccionar con ligandos. (V)

126. La forma A de DNA presenta un surco mayor muy profundo. (V).

127. Los azúcares de un B-DNA están normalmente en conformaciones C3’-endo. (F)

128. Las interacciones de van der Waals son las principales responsables de la estabilidad del stacking de las bases. (V)

129. La forma Z del DNA se da especialmente en regiones de DNA dúplex del tipo d(CG) y en condiciones de alta fuerza iónica. (V)

130. La figura 19 se corresponde a un dúplex de ácido nucleico en conformación Z. (V)

131. El N7 de una adenosina actúa como aceptor de puente de hidrógeno en el reconocimiento reverse Hoogsteen con la timina. (V).

132. Si mezclamos en agua adenina y timina encontraremos formación masiva y específica de dímeros Watson-Crick A-T, aún para concentraciones pequeñas de las dos bases. (F)

133. Las interacciones de puente de hidrógeno son las que guían la formación de la doble hebra de DNA, cuando esta se produce en medios acuosos. (F)

134. Las pautas de lectura por puentes de hidrógeno por el surco menor de un par de (G-C) (en DNA) no cambian significativamente al metilarse en N3 la guanina. (F)

135. El tilt es un movimiento de rotación de un par de bases respecto a un eje que va en el mismo plano de bases desde la cadena Watson a la Crick. (F)

136. La figura 20 representa el movimiento de buckle. (V)

137. El N4 de una citosina actúa como dador de puente de hidrógeno en un dímero tipo Hoogsteen entre G y C. (V)

138. El twist del Z-DNA es negativo. (V)

139. La figura 21 está extraída del mismo trabajo y una vez más muestra comparada una estructura de dinámica molecular (en gris) con una obtenida por difracción de rayos X (en azul). La forma de DNA estudiada es la forma Z. (V)

140. La estructura mostrada en la figura 20 se detecta en solución en presencia de concentraciones elevadas de CH3OH. (V)

141. La figura 22 proviene del poster publicado de una iniciativa científica de la Unión Europea. La estructura helicoidal que muestran esquemáticamente en la figura es dextrógira como es de esperar para un DNA fisiológico. (F)

142. El DNA tipo A tiene los azúcares en conformación C2’-endo y los nucleótidos en conformación anti respecto al enlace glucosídico (F)

143. Un híbrido DNA-RNA la cadena de DNA se adapta a la de RNA y mantiene la conformación claramente A, con los azúcares mayoritariamente en conformación Norte. (V)

144. El roll es un movimiento que nos sirve para determinar el grado de rotación según el eje X de un par de bases respecto a su vecino. (F)

155. El N4 de una citosina actúa como dador de puente de hidrógeno en un dímero tipo Hoogsteen entre Gy C. (V)

156. El twist de un Z-DNA es negativo a fuerzas iónicas elevadas (V).

157. Si mezclamos en agua adenina y timina encontraremos formación masiva y específica de dímeros Watson-Crick A-T, con preferencia respecto a estructuras A-A stacking. (F)

158. En un Z-DNA encontramos guaninas con conformaciones syn respecto a enlace glicosídico. (V) 

159 (10). El grupo hidroximetil de la 5hmC está apuntando hacia el surco estrecho del DNA. (F)

160. El DNA Z se da en secuencias ricas en secuencias tipo polyd(G) · polyd(C) en condiciones de baja humedad. (V)

161. Según el criterio de nomenclatura helicoidal del DNA se denomina que el sentido positivo del eje X es aquel del vector que va del surco ancho al surco estrecho. (F)

162. Para curvar el DNA es preciso modificar simultáneamente slide i twist respecto a los valores de equilibrio de un DNA no estresado estructuralmente (F)

163. El stacking que se muestra en la figura 23 es compatible con el de una cadena doble hélice tipo B. (F)

164. La figura 24 se corresponde con un apareamiento reverse Hoogsteen (las flechas indican puentes de hidrógeno, ignoralas) (V)

165. La figura 25 se corresponde a una unión de un ácido nucleico a un aptámero (un oligo que veis en la parte superior en blanco). El resultado es una fuerte distorsión de la estructura del ácido nucleico que lleva incluso a la pérdida de puentes de hidrógeno en la región marcada con una flecha. (V)

166. La mayoría de las proteínas leen el DNA a lo largo del surco ancho. (V)

Superenrollamiento del ADN y Estructuras Alternativas

Preguntas de Verdadero/Falso

168. La figura 26 corresponde a un complejo de una proteína con DNA (no hagas caso de que en la figura aparecen dos modelos de la proteína en amarillo y azul; son dos conformaciones alternativas de la proteína). El DNA que se muestra es del tipo B, con un fuerte bending en la parte central. V

169. Cuando quitamos giro (desenrollamos) a un DNA modificamos su Twist number. V

170. Un plásmido lineal que no forme superhélice tendrá Wr de cero. V

171. En la figura 27 se muestra una superhélice con Wr de +2. V

172. Una triple hélice de DNA tiene una estructura general que recuerda más a la forma B que no a la forma A. V

173. La telomerasas son las enzimas encargadas de relajar la tensión superhelicoidal del DNA, especialmente en las regiones teloméricas. F

174. Las formas cruciformes y las holliday junctions son en realidad el mismo tipo de estructura con dos nombres alternativos. F

175. El G-DNA se forma en una región concreta del cromosoma llamada cromatocentro. F

176. En algunos tipos de G-DNA podemos encontrar guaninas en syn respecto al enlace glicosídico. V

177. El genoma humano tiene más regiones que pueden actuar como molde para la formación de triplexes (triplex target sequence) de lo que el azar sugiere. V

178. Un triplex con triadas d(C·G-C) puede ser paralelo o antiparalelo y su estabilidad depende del pH. Nota: el · se refiere a interacción Watson-Crick y el – a interacción Hoogsteen. F

179. La estrategia por la que intentamos bloquear la transcripción de genes patógenos mediante la acción de oligos suministrados externamente se denomina “antigene”. V

179. El “minor part of the major groove” de un tríplex paralelo tiene los mismos puntos de reconocimiento específico que el surco menor de un dúplex DNA. F

180. La estabilidad de triples antiparalelos es independiente de variaciones razonables de pH (rango 3 a 10) V

181. En un triplex la tercera cadena se coloca a lo largo de lo que era el surco ancho del dúplex de DNA de manera paralela o antiparalela siempre unida por puentes de hidrógeno a la cadena de purina central. V

182. La región promotora de genes humanos es más rica en secuencias que pueden formar triples hélices que lo que se esperaría por el azar. V

183. En un tríplex de DNA tienes 3 surcos: uno se corresponde al surco estrecho del dúplex y el otro resulta de la partición asimétrica del surco mayor en dos surcos, cuya amplitud iguala a la original del surco mayor del DNA. V

184. La figura 28 está extraída de un informe interno en el que estábamos estudiando la posibilidad de incorporar selenoguanadina (una purina con un Se sustituyendo O en la posición 6, coloreado el Se en rosa) en varios tipos de estructuras de ácidos nucleicos (hasta aquí es cierto). En concreto, aquí estábamos interesados en estudiar un tríplex paralelo. F

185. El linking number de la superhélice de la figura 29 es -3. F (es +3)

186. En el DNA tetracatenario (quadrúplex) se suele coordinar iones como Mg2+ o Mn2+ en el canal central. F (iones monovalentes!)

187. En un mismo fragmento de G-DNA podemos encontrar simultáneamente guanosinas en conformación syn y en conformación anti. V

188. La figura 30 se corresponde a un complejo resuelto por el grupo D. Goodsell. Está claro que la unión del factor de transcripción afecta la conformación del B-DNA introduciéndole

un “kink”. V 189. Un plásmido de DNA que no forme superhélice tendrá un Lk de cero. F (será un Wr) 190. El quadrúplex es una estructura muy estable en presencia de iones monovalentes, en las que las cadenas pueden ser DNA o RNA, mostrar orientaciones paralelas o antiparalelas y formar hélices dextro o levo. F (tot bé menys lo de levo) 191. Cuando se produce el plegamiento de una horquilla de ADN se produce una reducción en la entropía de la cadena de ADN. V 192. La figura 31 muestra una triada donde hay un apareamiento reverse Hoogsteen. V 193. El reconocimiento de la figura 31 sería compatible con un tríplex antiparalelo. V 194. Una superhélice levógira se dice que tiene superhelicidad positiva. V 195. El twist number (Tw) es una constante en todos los estados de supercoiling teóricamente posibles de un DNA circular, a no ser que se corte el esqueleto covalente. F (no Tw, sinó Lk) 196. La secuencia d(AGGAXXXXXAGGA)·d(TCCTYYYYYTCCT) formaría un DNA con motivo de “direct repeat”. V 197. Las secuencias con capacidad para formar triples hélices están sobrerrepresentadas en regiones reguladoras del genoma. V 198. Al cambiar de guanina a 7-deazaguanina podrías esperar cambios estructurales en caso de que la estructura tridimensional global formase elementos cuadrúplex. V 

199 (11). La estructura que se muestra esquemáticamente en la figura 32 es compatible con un “pseudoknot”. V 200. El experimento de Bauer-Vinogard es un clásico del análisis de la superhelicidad. Los autores encontraban una variación constante y monótona del coeficiente de sedimentación al aumentar la concentración de un intercalador. F 201. Para formar un tríplex paralelo es preciso que el TFO reconozca a un dúplex DNA donde un fragmento largo de una de las dos cadenas es purina. Estas secuencias son especialmente abundantes en regiones promotoras de los genes en humanos. V 202. Un tríplex con motivos d(C·G-C) antiparalelo será independiente del pH en el rango de pH 6-8. V 203. Las formas cruciformes y las hollyday junctions son en realidad el mismo tipo de estructura. F 204. La figura 33 muestra una superhélice con supercoiling positivo. V 205. no hi ha resposta 206. tampoc hi ha resposta TEMA 12: 207. Una estructura del tipo d(ATTTTAGA)·r(UCUAAAAU) adoptará en condiciones fisiológicas una estructura cercana el tipo B. F 208. El splicing alternativo es un fenómeno propio de células procariotas. F 209. Los híbridos DNA·RNA se forman, por ejemplo, en la replicación del DNA. V 210. Miramos un ácido nucleico a través de uno de los dos surcos. Al fondo del mismo se distingue claramente el N7 de una guanina. Si ese surco que vemos es el más ancho podemos pensar que es un RNA de cadena doble. F 211. El aceptor STEM (tallo aceptor) forma una hélice tipo A termina en una triada desapareada con el triplete 5’-CAA-3’. V 212. El código de lectura por puentes de hidrógeno en el surco ancho de un RNA y de un DNA es el mismo. V 213. El N7 de una purina se encuentra en el RNA apuntando hacia el surco més estrecho y profundo. V 214. En un RNA de transferencia son comunes los apareamientos no canónicos. V 215. El “extra loop” es un fragmento muy variable de un RNA(t) tanto en longiud (de 3 a 21 nucleótidos) como en composición. V 216. La figura 34 se corresponde a un RNA (a esto por cierto), lo que indica la flecha es el surco ancho (major Groove) de ese RNA. V 217. AL aumentar la fuerza iónica se puede producir el cambio de la forma A a la forma Z en RNAs de doble cadena. F 218. Para segmentos equivalentes de DNA y RNA, las quimeras DNA-RNA se parecen globalmente más a un dúplex de RNA que a uno de DNA. V 219. Los grupos dadores y aceptores de puente de hidrógeno presentes en el surco menor del RNA duplex y del DNA dúplex son los mismos. V 220. Un híbrido DNA-RNA tendrá un surco mayor (major Groove) estrecho, pero profundo. V 221. La inosina es una de las bases no codificantes que podemos encontrar en el RNA de transferencia. V 222. Los grupos dadores y aceptores de puentes de hidrógeno que se encuentran en el fonde del surco ancho (major Groove) de un dúplex DNA-RNA son los mismos. V 223. La estructura que se muestra esquemáticamente en la figura 34 es coherente con la de un “kissing loop”. V 224. En un “kissing loop” encontramos dos tetraloops en conformación “looped-out”. F 225. La inosina es una de las bases no codificantes que más frecuentemente encontraremos en un RNA mensajero. F 226. La conformación oE es común en el RNA, pero no la encontraremos en un RNA mensajero. F 227. De acuerdo el criterio de Leontis/Westhof en cada purina distinguimos 2 regiones de interacción para caracterizar su modelo de reconocimiento. F 228. El surco mayor de un RNA es estrecho pero profundo. V 229. La RNAse H es una nucleasa que reconoce híbridos DNA-RNA. V En aquestes no hi ha figura ni resposta: 230. La figura es un homopolímero (esto es cierto). Puedes ver un hairpin de RNA con un tri-loop. 231. Las flechas de la figura apuntan hacia la secuencia anticodón en un RNA de transferencia. 232. La figura muestra un modo de interacción de una proteina con un duplex homopolimérico (es decir solo es un tipo de ácido nucleico); esto es cierto. La proteína lee el dúplex de RNA por su surco mayor. TEMA 13: 233. La metilación de las citocinas en C6 es una de las modificaciones epigenéticas más comunes en mamíferos. (F) 234. En un DNA fisiológico que incorpora modificaciones epigenéticas (metilaciones de citosinas) el N7 de las purinas no señalará necesariamente el surco mayor. (F) 235. En el core proteico de un nucleosoma de levadura encontramos histonas H3, H2A, H2B i H4. (V) 236. Las colas de las histonas se han relacionado con la interacción entre nucleosomas y por lo tanto la compactación del DNA. (V) 237. La H1 es una histona con fuerte carga positiva a pH fisiológico con una sobreabundancia de Lys. (V) 238. Para determinar mapas de nucleosomas se digiere cromatina con DNAse I en presencia de crosslinkers como el formaldehído y los fragmentos no digeridos se secuencian después de degradar las proteínas. (F) 239. Las histonas son proteïnas muy ricas en hélice alfa. (V) 240. Las 5-metilcitosina es una variante epigenética común en el DNA de mamíferos. (V) 241. La MNase es una endonucleasa que degrada el DNA, excepto aquel que está unido a nucleosomas, que queda protegido, con lo que al degradar con MNase cromatina encontramos segmentos de longitud múltiple de aproximadamente 245 pares de bases. (F) 242. El diámetro de un nucleosoma es de aproximadamente 11 A (amstrongs). (F) 243. Las técnicas de Chromosome Conformational Capture (3C) y derivadas como HiC, permiten obtener información sobre la estructura global de la cromatina. (V) 244. Las colas de las histonas se modifican por acetilaciones y metilaciones (entre otras modificaciones químicas) y como resultado de ello se producen cambios en la compactación de la fibra de nucleosomas, los cuales pueden conducir a un cambio de perfil de expresión de los genes. (V) 245. La levadura no tiene histona H1, pero sí todas las otras histonas que encontraríamos en la cromatina humana. (F)